Wanneer u met klachten van een blaasontsteking naar de huisarts gaat wordt urine onderzocht. Meestal gebeurt dit met een stickje. Hiermee kan de diagnose aannemelijk worden gemaakt. Een bewijs voor een blaasonsteking kan alleen worden gekregen door de urine te kweken. Het duurt echter enkele dagen voordat de uitslag daarvan bekend is en meestal is dit onderzoek niet nodig voor een goede behandeling.
Als een blaasontsteking niet reageert op een antibioticakuur is het wel verstandig om een kweek  te verrichten.

Wanneer jonge kinderen één of meerdere keren na elkaar een blaasontsteking krijgen, is verder onderzoek noodzakelijk. Er kan immers sprake zijn van een aangeboren afwijking zoals een vesico ureterale reflux.

Bij volwassenen kunnen recidiverende blaasontstekingen velerlei oorzaken hebben. Zo is het mogelijk dat bij een vroegere infectie de bacteriën niet helemaal werden uitgeroeid, omdat de antibioticakuur te vroeg werd stopgezet of omdat niet het meest geschikte antibioticum werd gekozen. Bij recidiverende blaasontstekingen zal de uroloog verder onderzoek naar de blaas en nieren verrichten. Hierbij worden vaak bloedonderzoek, een urinekweek, een ECHO-onderzoek van de nieren en een blaaskijkonderzoek (cystoscopie) gedaan.