Wanneer een blaasontsteking niet op tijd wordt herkend en behandeld, kan er -waarschijnlijk doordat het terugstroomklepje door het ontstoken blaasslijmvlies minder goed werkt- een situatie ontstaan waarin de bacteriën ook in de urineleider en het nierbekken terecht komen. Als er in de nier dan een ontstekingsreactie ontstaat dan spreken we van een nierbekkenontsteking.

Een nierbekkenontsteking geeft doorgaans meer en andere klachten dan een blaasontsteking: pijn in de zij, koorts (38-40 graden), koude rillingen en malaise (ziek-voelen). Bij een nierbekkenontsteking kan het verstandig zijn om te onderzoeken of de afvoer van de ontstoken nier belemmerd wordt door een niersteen. De combinatie van een verstoorde afvoer en een ontsteking is ernstiger dan een ontsteking alleen, omdat de bacteriën dan niet wegspoelen met de urine mee en zo veel ziekmakender kunnen zijn. Met echo-onderzoek van de nier kan eenvoudig worden onderzocht of hieraan gedacht moet worden.

Als er sprake is van een nierbekkenontsteking wordt gestart met antibiotica voor een periode van 14 dagen. Als de patiënt zo ziek is dat tabletten mogelijk niet betrouwbaar kunnen worden ingenomen en als observeren van de klachten belangrijk is, wordt geadviseerd de patiënt via een infuus de medicijnen te geven en te observeren in het ziekenhuis, Als na 2-3 dagen de koorts weg is, kan overgeschakeld worden op tabletten.

Als er ook aanwijzingen zijn dat de afvoer van de ontstoken nier belemmerd wordt, dan is het nodig om deze afvoer te verbeteren. De ontstoken urine kan dan via een kunstmatig slangetje worden afgevoerd: soms wordt dit slangetje via de blaas en de urineleider tot in het nierbekken gebracht (een zgn. Dubbel-J catheter) maar vaker wordt een slangetje via de rug door de huid en door de nier heen in het nierbekken gebracht. (een zgn. Nefrostomie catheter) Omdat de nier dicht tegen de rug aan ligt kan dit onder controle van echo-onderzoek vrij eenvoudig met een plaatselijke verdoving van de huid plaatsvinden.